Informace o předmětu

KBB/BINF Bioinformatika


garant: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.
přednášející: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.
typ: A - L - 2/0/1
kombinace:
typ ukončení: Zápočet, kolokvium
kredity: 4

Sylabus přednášek:
Přednáška
Úvod do bioinformatiky. Informační zdroje, biologické databáze (primární, sekundární, specializované DB). Sekvencování a základní používané strategie. Párové sekvenční srovnávání, prohledávání databází. Mnohočetné porovnávání sekvencí. Globální a lokální porovnávání. Skórovací matrice. Dynamický, heuristický a statistický přístup (PSSM, HMM). Predikce genů, strategie ab initio, vyhledávání homologie a jejich kombinace. Analýza RNA. Analýza a predikce struktury proteinů. Molekulární fylogenetika, konstrukce fylogenetických stromů. Analýza genomů.


Sylabus cvičení:
Praktické aplikace: databáze(GenBank/NCBI, DDBJ, EBI, ENTREZ), vyhledávání homologie (BLAST, FASTA, T-COFFEE), párové porovnávání, mnohočetné porovnávání,fylogenetická analýza (CLUSTAL, PAUP). Specializovaný software.

Podmínky splnění kolokvia:
1) účast na seminářích
2) vypracované praktické úlohy z jednotlivých seminářů
3) test


Sylabus zkoušky:

Doporučená literatura:
Přednášky. Cvrčková F. (2006): Úvod do praktické bioinformatiky. Academia.