Informace o předmětu

KBB/GENOM Genomika


garant: Ing. Hana Šimková, Ph.D.
přednášející: Ing. Hana Šimková, Ph.D.
typ: A - Z - 2/0/0
kombinace: MBB
typ ukončení: Zkouška
kredity: 4

Sylabus přednášek:
Předmět studia genomiky. Obsah genomových projektů. Sekvenování genomů prokaryot. Sekvenování genomů eukaryot - Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum, Homo sapiens. Databáze sekvencí DNA. Genetické mapování. Mapovací populace. Molekulární markery, jejich typy a příprava. Strategie mapování. Genetické mapy, jejich konstrukce. Knihovny DNA, jejich typy a konstrukce. Fyzické mapování. Metody používané při fyzickém mapování, "fingerprinting". Integrace fyzických a genetických map. Poziční klonování genů, "chromosome walking". Strategie sekvenování DNA ("shotgun", "clone-by-clone", redukční strategie). Anotace sekvencí DNA. Funkční anotace a zařazování genů do rodin. Polymorfismus DNA. SNPs ("single nucleotide polymorphisms") a jejich využití pro "genotyping". Komparativní genomika. Genová exprese a transkriptom. Knihovny cDNA, ESTs ("expressed sequence tags"), DNA arrays a DNA čipy, jejich příprava a využití. Určování funkce genů. Metody funkční genomiky - saturační přímá genetika, vysoko-kapacitní reverzní genetika.

Sylabus cvičení:

Sylabus zkoušky:

Doporučená literatura:
Gibson, G., Muse, V.S.: A Primer of Genome Science, Sinauer Associates, Inc., Sunderland, 2004.
Meksem, K., Kahl, G.: The Handbook of Plant Genome Mapping, Wiley-VCH Verlag, Weinheim, 2005.
Foster, G.D., Twell, D.: Plant Gene Isolation - Principles and Practice, John Wiley and Sons, Inc., New York, 1996.
Šmarda a kol.: Metody molekulární biologie, Masarykova univerzita, Brno, 2005.

Další doporučená literatura:
Davis, K.: Rozluštěný genom, Paseka, Praha, 2003.
Cullis, C.A.: Plant Genomics and Proteomics. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2004.
Hunt, S. P., Livesey, F.: Functional Genomics: A Practical Approach. Oxford University Press, Oxford, 2000.
Primrose, S.B.: Principles of Genome Analysis: A guide to mapping and sequencing DNA from different organisms. Blackwell Science Inc., 1998.


Studijní materiály: